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linux下安装intel全家桶(oneapi)和vasp

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2023/03/05
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VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。VASP通过近似求解Schrödinger方程得到体系的电子态和能量,既可以在密度泛函理论(DFT)框架内求解Kohn-Sham方程(已实现了混合(hybrid)泛函计算),也可以在Hartree-Fock(HF)的近似下求解Roothaan方程。此外,VASP也支持格林函数方法(GW准粒子近似,ACFDT-RPA)和微扰理论(二阶Møller-Plesset)。VASP使用平面波基组,电子与离子间的相互作用使用模守恒赝势(NCPP)、超软赝势(USPP)或投影扩充波(PAW)方法描述。VASP使用高效的矩阵对角化技术求解电子基态。在迭代求解过程中采用了Broyden和Pulay密度混合方案加速自洽循环的收敛。VASP可以自动确定任意构型的对称性。利用对称性可方便地设定Monkhorst-Pack特殊点,可用于高效地计算体材料和对称团簇。Brillouin区的积分使用模糊方法或Blöchl改进的四面体布点-积分方法,实现更快的k点收敛。上面涉及很多固体物理的知识,非常不直观,且难以理解。但是没有关系,用一句换总结VASP的功能就是,计算材料内部的电子结构,并计算以此为基础的各种材料物性。 OneAPI是英特尔在生态布局中最重要的一环,这已经不是什么秘密了。早在2018年底举行的英特尔架构日上,英特尔的芯片首席架构师Raja Koduri就对外公布了公司正在着力研发的一件“大事”:一个名为OneAPI的软件编程框架。顾名思义,OneAPI旨在提供一个适用于各类计算架构的统一编程模型和应用程序接口。也就是说,应用程序的开发者只需要开发一次代码,就可以让代码在跨平台的异构系统上执行,底层的硬件架构可以是CPU、GPU、FPGA、神经网络处理器,或者其他针对不同应用的硬件加速器等等。其中2023版本的OneAPI软件现已开源,安装包中主要包括的了icc,ifort,mkl等工具库。此文主要介绍如何安装oneapi和vasp。

安装oneAPI

1.环境
系统:Ubuntu、CentOS
编译器:gcc、ifort

如果没有安装gcc的话需要安装:

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ubuntu: sudo apt-get install gcc -y
Centos: yum install gcc-c++ -y
下载l_BaseKit_p_2023.0.0.25537_offline.shsh l_HPCKit_p_2023.0.0.25400_offline.sh执行sh l_BaseKit_p_2023.0.0.25537_offline.sh和sh l_HPCKit_p_2023.0.0.25400_offline.sh两个环境都安装好了之后,要在 Linux 系统中配置他们的环境:
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source xxxx/oneapi/setvars.sh intel64 --force
输入以下命令,检验是否成功,若成功就会显示版本号。
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Icc -v
ifort -v

安装vasp

解压vasp.6.3.2.tgz安装包

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tar -zxvf vasp.6.3.2.tgz
进入vasp.6.3.2 目录下arch
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cd /vasp.6.3.2/arch
这里我们使用intel oneAPI中安装的ifort和mkl数学库将makefile.include.intel文件移动到 vasp.6.3.2 目录下并重命名。
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cp makefile.include.intel ../
mv makefile.include.intel makefile.include
安装
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make all
安装好后,使用下面命令进入vasp.6.1.2/bin目录可以看到编译好的 vasp_gam、vasp_ncl 以及 vasp_std这三个文件,然后配置环境
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export PATH=xxxx/vasp.6.3.2/bin/:$PATH
执行一下命令source ~/.bashrc重新加载环境变量。 运行命令
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vasp_std -v
如果能显示版本信息则安装成功。

CATALOG
  1. 1. 安装oneAPI
  2. 2. 安装vasp